Три государственных природных заказника и два памятника природы областного значения получили паспорта и четко описанные границы. На кадастровый учет поставлены заказники «Сосново-еловые леса в окрестностях г. Вереи» и «Долина реки Нара и охранная зона» (Наро-Фоминский район), «Леса Аверкиевского лесничества» (Павлово-Посадский), а также памятники природы «Верхнемоскворечье» (Можайский) и «Микулино городище на реке Шоша» (Лотошинский). Общая площадь ООПТ составляет 1461 га.

По словам министра экологии и природопользования Московской области Александра Когана, одним из самых интересных является памятник природы «Микулино городище на реке Шоша». Это одна из самых маленьких ООПТ (13 га), но уникальность ее объясняется тем, что под особую охрану поставлены экосистемы, тяготеющие к объекту историко-культурного наследия – поселению, основанному тверскими князьями более шести веков назад. Городище окружено земляным валом, местами достигающим высоты 6 метров. В центре поселения в 1398 году был построен собор Михаила Архангела, классический образчик древнерусского зодчества.

Специалисты отмечают разнообразие видов флоры и фауны, занесенных в Красные книги России и Московской области. В границах ООПТ зафиксированы места обитания черного коршуна, серого журавля, седого дятла, речной выдры, ужа, безногой ящерицы веретеницы ломкой, белого аиста и других краснокнижных видов. На территории памятника «Верхнемоскворечье» обитает редчайшее насекомое – водяной скорпион ранатра палочковидная.